Два года спустя после событий игры Final Fantasy VII, планета только начинает восстанавливаться после атаки Метеора. Выжившие жители Мидгара создали новый город «Edge». По планете распространяется странная болезнь Геостигма.

Клауд Страйф образовал свою компанию Доставки Страйфа (Strife Delivery Service) вместе с Тифой Локхарт. Офис компании находится в баре Тифы, который также является приютом для детей, больных Геостигмой. Среди детей с Тифой живут Марлин Уоллес (приемная дочь Баррета Уоллеса) и ее друг — мальчик Дензел. Дензел и Клауд оба больны Геостигмой. Но Дензел борется с болезнью с помощью Тифы и Марлин, а Клауд, считая себя виновным в смерти его друзей — Аэрис и Зака — отдаляется от людей, чтобы не быть обузой для близких.

Однако рефлексировать Клауду осталось недолго - миру грозит новая напасть.